Выравненные последовательности
Допустимые символы: A, T, G, C, U (РНК), буквы белков, "-" для гэпов
Должна быть той же длины после удаления гэпов

Как рассчитывается p-distance?

p-distance (пропорциональная дистанция) — доля позиций, в которых две выравненные последовательности различаются, относительно общего числа позиций (исключая гэпы).

📊 Шкала интерпретации p-distance:
0.00 – 0.05: ██░░░░░░░░ Идентичные / почти идентичные
0.05 – 0.15: ████░░░░░░ Низкая дивергенция
0.15 – 0.30: ██████░░░░ Умеренная дивергенция
0.30 – 0.50: ████████░░ Высокая дивергенция
0.50 – 1.00: ██████████ Очень высокая дивергенция

Формула: p = nd / n, где nd — число несовпадающих позиций, n — общее число сравниваемых позиций (без гэпов).
Важно: p-distance недооценивает истинное эволюционное расстояние при высоком уровне дивергенции (>0.3) из-за множественных замен. Для больших дистанций используйте другие модели (JC69, K80, GTR).

Результат расчёта

📖 Примеры последовательностей

Идентичные

p-distance = 0 (0%)

Одно несовпадение

p-distance = 0.125 (12.5%)

Три различия

p-distance = 0.2 (20%)

Полностью разные

p-distance = 1 (100%)

С гэпом (игнорируется)

Гэп пропущен, p-distance = 0

РНК-последовательности

p-distance = 0.125 (12.5%)