Эволюционные параметры
замен/сайт
Доля различных нуклеотидов между последовательностями
замен/сайт/год
Типично: 10⁻⁸–10⁻⁹ для ядерной ДНК

Как работают молекулярные часы?

Молекулярные часы — гипотеза о том, что число накопленных мутаций в ДНК пропорционально времени, прошедшему с момента расхождения видов (при постоянной скорости эволюции).

📊 Типичные скорости эволюции (r):
• мтДНК (позвоночные): 1–2 × 10⁻⁸ замен/сайт/год
• ядерные гены (позвоночные): 1–5 × 10⁻⁹ замен/сайт/год
• бактерии: 10⁻⁹ – 10⁻⁸ замен/сайт/год
• вирусы (РНК): 10⁻⁴ – 10⁻³ замен/сайт/год

Формула: t = d / (2r), где множитель 2 учитывает, что замены накапливаются в обеих линиях с момента расхождения.
Важно: Формула справедлива для нейтральных замен. При d > 0.3 необходима поправка на множественные замены (модель Jukes-Cantor).

Результат расчёта

📖 Примеры молекулярных часов

Митохондриальная ДНК

d=0.1, r=1×10⁻⁸ → t=5 млн лет

Ядерные гены

d=0.02, r=2×10⁻⁹ → t=5 млн лет

Бактериальные гены

d=0.05, r=1×10⁻⁸ → t=2.5 млн лет

Найти дистанцию

t=6 млн лет, r=1.5×10⁻⁸ → d=0.18

Найти скорость

t=10 млн лет, d=0.15 → r=7.5×10⁻⁹

Большая дистанция

d=0.3 → требуется поправка JC69